Trong thời gian từ năm 1955 đến năm 1958, trường đảm nhiệm huấn luyện các khóa:
-Biệt động đội
-Thám báo
-Phản Du kích
-Thể dục quân sự
-Quyền thuật và Nhu đạo
-Quân y Dược sĩ
-Liên đoàn Đặc biệt

Nhiệm vụ của trường Hạ sĩ quan từ năm 1959 tới năm 1963 huấn luyện:
-Bốn khóa sĩ quan Đặc biệt Hiện dịch.[1]
-Các khóa đào tạo hạ sĩ quan trừ bị.[2]
-Các khóa hạ sĩ quan Đặc biệt.[3].

Riêng các khóa hạ sĩ quan trừ bị là mục tiêu đào tạo chính của trường, nên năm nào cũng có ít nhất 4 khóa khai giảng và nhập học, có năm lên tới 7 khóa. Có những năm Tổng cục Quân huấn phải đào tạo tại các Quân trường Quang Trung và Quân trường Lam Sơn.[4]

Kể từ năm 1968, trường Hạ sĩ quan nhận huấn luyện các khóa sĩ quan trừ bị, phụ lực với trường Sĩ quan Thủ Đức.[5]

Ngoài ra, trường còn nhận huấn luyện đào tạo các lớp quân sự khác (không những đối với các thí sinh trong nước, mà còn nhận cả những thí sinh từ các nước bạn Lào và Cao Miên) do Bộ Tổng Tham mưu, Tổng cục Quân huấn giao phó.

Trường Hạ sĩ quan đã liên tục huấn luyện các khoá học như đã kể trên cho đến tháng 4 năm 1975, trường đã đào tạo được khoảng 120.000 hạ sĩ quan ưu tú, hơn 1.800 sĩ quan hiện dịch và khoảng 12.000 sĩ quan trừ bị cùng nhiều khóa huấn luyện quân sự cho Học viện Quốc gia Hành chánh.[6]

Cùng với năm cơ sở đào tạo sĩ quan, hạ sĩ quan cho Quân lực VNCH là Võ bị Quốc gia, Đại học Chiến tranh Chính trị ở Đà Lạt, Trường Sĩ quan Trừ bị Thủ Đức ở Gia Định, Trung tâm Huấn luyện Hải quân và Trung tâm Huấn luyện Không quân ở Nha Trang. Trường Hạ sĩ quan Đồng Đế đã làm tròn trách nhiệm của mình cho đến đầu tháng 4/1975 di tản khỏi Nha Trang và sau đó giải tán.